פרופ' יוסי גרפינקל מלמד במסגרת המכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים ומכהן בקתדרה על שם יגאל ידין לארכיאולוגיה של ארץ ישראל. 

פרופ' גרפינקל חקר במשך שנים רבות אתרים פרהיסטוריים בעמק הירדן:  בגשר, מונחתה, תל עלי, שער הגולן ותל צף. 

בשער הגולן נערכו חפירות נרחבות במשך 11 שנים ונתגלה כפר גדול, 200 דונם שטחו, שהיה אחד היישובים הגדולים בעולם בתקופתו. 

באתר נתגלו בתי חצר הקדומים בעולם, הרחובות הקדומים בארץ, ואוסף אמנות פרהיסטורי הגדול והחשוב בארץ ישראל. 

במהלך השנים כתב ופרסם  16 ספרים ומעל 100 מאמרים על היבטים שונים בארכיאולוגיה של א"י.